Também como parte da política de aproximação do sindicato à categoria, o Sintrajud tem estimulado a organização setorial dos trabalhadores do Judiciário Federal no Estado de São Paulo através de núcleos específicos.

NÚCLEO DE APOSENTADOS - Primeiro núcleo setorial organizado no sindicato, em 1997. Reúne os aposentados da categoria semanalmente para discutir os problemas e reivindicações específicas e também para organizar a participação do segmento nas lutas dos servidores do Judiciário Federal em São Paulo.
Reuniões: todas as quartas-feiras, às 15 horas

NÚCLEO DE OFICIAIS DE JUSTIÇA - O Núcleo dos Oficiais de Justiça Avaliadores Federais teve início formalmente em 1999 para responder às demandas específicas. Aglutina todos os profissionais desse segmento da categoria (da Justiça Federal, do Trabalho e Militar) e foi um dos impulsionadores do Coletivo de Oficiais de Justiça da Fenajufe (Cojaf).
Reuniões: mensalmente, às 13h30

NÚCLEO DE AGENTES DE SEGURANÇA - Fundado em abril de 2004, o Núcleo de Agentes de Segurança tem por objetivos promover debates em torno à estruturação da carreira deste segmento nos quatro ramos do Judiciário (eleitoral, federal, trabalhista e militar) e organizar os agentes para buscar solução para problemas nos locais de trabalho.
Reuniões: não tem calendário fixo